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As atividades de Ciência e Tecnologia no Rio Grande do Sul iniciaram nos anos 40, com o Governo investindo nas primeiras pesquisas científicas da área agropecuária, a Secretaria de estado foi institucionalizada em 15 de março de 1987 pelo DECRETO 32.517. Responsáveis por gerir a Cientec e a Fapergs, criada formalmente em 13/08/1990 / lei 9129 (SCT).
O Decreto 35.922, de 12 de abril de 1995, estabeleceu a estrutura definitiva da Secretaria de Ciência e Tecnologia e a Lei 10.534, regulamentou o Artigo 235 da Constituição Estadual, instituindo o Sistema Estadual de C&T, que passou a ter a competência para definir a Política Estadual do setor.